Tra gli edifici religiosi di Isola della Scala il più importante è la Chiesa Parrocchiale, cioè l'Abbazia. La pieve di S. Stefano protomartire, in quella terra che allora era detta Insula Cenensis, si sviluppò probabilmente nei secoli X-XI. Viene menzionata la prima volta nel 1074 in un documento che conferma l'esistenza presso di essa di un collegio sacerdotale presieduto da un arciprete e di una scuola per i chierici. Le informazioni a disposizione sulla chiesa precedente l'attuale non sono molte; la visita pastorale del 1568 ad opera del vescovo Agostino Valier (1565-1606) evidenzia la presenza di undici altari: Altare Maggiore, S. Biagio, S. Giovanni, Madonna del Comune, S. Antonio, Crocefisso, S. Lorenzo, S. Giovanni, S. Bartolomeo, Beata Vergine e S. Caterina. Un disegno del 1561 conservato presso l'Archivio Storico di Verona riproduce la pianta della parrocchiale mettendo in evidenza come la larghezza fosse pressoché la stessa, mentre la profondità risultava minore di diciassette metri, la facciata inoltre era ad occidente e l'Altare Maggiore ad oriente. La pieve disponeva di diritti di decime, che venivano riscosse anche al di fuori degli attuali confini comunali, e di un cospicuo patrimonio di terre. Nel 1575 l'allora parroco Maffeo Albertini constatava che il Comune era debitore nei confronti della parrocchia di parecchi "dinari". Il vescovo intervenne invitando il Comune ad utilizzare tale debito per riparare la chiesa in quanto era vechia antichisima e minatiava ruina; il Comune, che non navigava in buone acque, temporeggiò. Il vescovo fece sospendere allora la celebrazione della messa costringendo l'amministrazione ad iniziare i lavori che evidenziarono come la struttura muraria fosse priva di fondamenta e le capriate in pessime condizioni. Fu in quell'occasione che si decise di rifare completamente la parrocchiale. La prima pietra fu posta il giorno venerdì 25 aprile 1578 in occasione della festa di S. Marco, dopo la celebrazione di una messa solenne nell'oratorio di S. Vincenzo Ferreri, con la partecipazione dei Frati Minori del convento di S. Maria Maddalena; la pietra fu benedetta e portata in processione per la piazza ed infine murata nel fondamento dell'Altare Maggiore. La direzione della fabbrica fu affidata dal Comune per la parte economica a quattro consiglieri: Cristofolo Magnìn, Santo Bocchino, G. Battista Anderlino e G. Battista Gandino. La parte tecnica fu affidata ai maestri Battista da Lavagno e Santo Cogino ed al perito disegnator Bernardino Brugnoli, nipote del più celebre Michele San Micheli. La costruzione della nuova Parrocchiale rappresentò per la comunità isolana una impresa di eccezionale impegno; la partecipazione del Comune è testimoniata dallo stemma comunale più volte riprodotto all'interno. L'opera iniziata dal Comune, che confidava più nell'aiuto della Provvidenza che nelle proprie risorse, si protrasse a lungo anche per le difficoltà economiche che subito si dovettero affrontare tanto che l'amministrazione si rivolse al vescovo affinché convincesse il parroco a contribuire alle spese, invito accolto nel 1581 con la donazione di 100 ducati. Nel 1592 il Comune dovette vendere parte dei beni amministrati i cui proventi erano destinati alle spese del culto; intervenne nuovamente il vescovo che, pena la scomunica, obbligò l'amministrazione a ritornare in possesso dei beni alienati. L'edificio, nel quale già alla fine del secolo XVI si celebravano le funzioni religiose, venne terminato nel 1619 e consacrato il 25 luglio, festa di S. Giacomo, patrono contitolare della Chiesa e del paese. Per la costruzione vennero impiegati materiali dell'antica chiesa (tra cui laterizi romani), l'edificio venne allungato per innalzare i due altari laterali, quello della Madonna e quello del Crocefisso. Un successivo intervento di ristrutturazione e decorazione avvenne nel 1805, quando il soffitto venne coperto con vari riquadri ed ornamenti pittorici (rimossi nel 1969 per mettere in luce le 14 capriate; le ultime quattro capriate prima dell'abside distano fra loro 60 cm più delle altre). L'attuale edificio, realizzato interamente in cotto, è orientato liturgicamente verso sera e consiste di un'unica navata che colpisce per la sua straordinaria ampiezza (51,7x21,8x15,6 vedi la pianta dell'Abbazia). L'attuale pavimento in marmo bianco e rosso di Verona è stato posto in opera tra il 1800 e il 1820 in sostituzione del precedente a mattonelle; in tale occasione tutte le pietre tombali presenti sono state tolte e riposizionate lungo le pareti interne. Tra le pietre tombali, la più interessante, sulla destra entrando, è quella dell'arciprete Vincenzo Quirini (Abate agli inizi del '500). All'esterno, sopra la porta principale si trova una lunetta in cui è dipinta l'immagine del titolare, S. Stefano, opera di G. Bevilacqua (1871-1968). Nel secolo XV e fino alla seconda metà del XVI la pieve fu data in "commenda" a religiosi che non risiedevano in luogo. Questo spiega la serie di illustri prelati, fra cui alcuni cardinali, ai quali fu assegnato il beneficio parrocchiale e i cui stemmi figurano sulla facciata della canonica. La residenza stabile ebbe inizio dopo il Concilio di Trento (1545-1563). Dal '600 i parroci si fregiano del titolo onorifico di abate; fino a qualche tempo fa si riteneva che il titolo di abate al rettore pro tempore della Pieve fosse stato concesso, a partire da Gerolamo Bongiovanni, da Papa Clemente X con suo Breve del 1672. Recenti studi effettuati dal prof. Bruno Chiappa presso l'Archivio Segreto Vaticano hanno dimostrato che relativamente al pontificato di Clemente X (1669-1676) non è stato emesso alcun Breve a beneficio della Pieve di Isola della Scala. Il titolo di abate deve essere stato dunque concesso negli anni precedenti. I parroci che si sono avvicendati e di cui esistono notizie certe sono 50. Lungo le pareti interne trovano posto otto altari. Entrando, a sinistra si può ammirare l'altare di S. Lorenzo con il Battistero ottagonale del '400 e la cinquecentesca tela attribuita al Giolfino (1475-1555). Più avanti è visibile l'altare del Comune in legno dorato (sec. XVI) con 232 reliquie; nella nicchia, ove un tempo c'era la statua della Madonna in trono, è stata collocata la statua, in pietra viva, di S. Stefano (sec. XV). Alla base si trova l'urna di S. Undemilla. Procedendo si può vedere l'altare di S. Giuseppe con una pala rappresentante la Sacra Famiglia, del pittore Sante Prunati (sec. XVIII). Nella crociera o transetto, spicca il grande altare della Madonna in trono, un tempo dedicato al Sacro Cuore. Un altro altare altrettanto notevole per grandiosità e sobria eleganza è quello del Crocefisso, che si trova sul lato opposto. Molto prezioso il Crocefisso in legno, opera del '500, e bellissimo il paliotto che contiene un bassorilievo in marmo raffigurante la Carità. Entrando, sulla destra, il primo altare è dedicato a S. Caterina d'Alessandria, patrona dei mugnai; venne costruito nel 1713, la pala rappresenta la Madonna del Carmine con santi. Segue l'altare di S. Luigi ed infine quello di S. Carlo con la bella statua in granito di S. Antonio da Padova opera di Pietro Todesco. L'Altare Maggiore che era anticamente in legno è stato rifatto in marmo nel 1717. Lungo le pareti del coro sono disposte tre tele, attribuite a Felice Brusasorci (1539-1605), rappresentanti il processo, il martirio e la sepoltura di S. Stefano. Sull'arcone principale compare lo stemma di Nicolò del Bene sormontato da quello del cardinale Agostino Valier, vescovo di Verona. A destra dell'Altare Maggiore si trova la Cappella del SS. Sacramento, costruita nel 1712 e rinnovata nel 1967; al suo interno è presente una pala che rappresenta la crocifissione di Gesù proveniente dalla chiesa di S. Maria Maddalena. A sinistra il pulpito in noce, fatto costruire dall'abate Cocconio nel '600, con la scena della lapidazione di S. Stefano. Numerose sono le iscrizioni incise o ad affresco presenti. Una di esse, posta sopra la bussola del portale maggiore, ricorda il passaggio dal nostro paese della principessa Margherita d'Austria, diretta a Ferrara per unirsi in matrimonio con Filippo III di Spagna celebrato nel 1598; durante il breve soggiorno ad Isola della Scala, la principessa fu ospitata nel palazzo in Corte Emilei. Un'altra iscrizione, sulla seconda lesena di destra, ricorda la consacrazione della chiesa avvenuta il 25 luglio 1619. Molto interessante è la Via Crucis, si tratta di 14 dipinti ottocenteschi del pittore Paolo Brenzoni. Fin dal 1534 risulta in Abbazia un organo, quello attuale è un Ruffatti; il compito di scegliere e stipendiare l'organista era riservato al Comune e ciò avvenne fino alla fine dell'800. Nella prima metà dell'800 fu, tra gli altri, organista Vincenzo Mela (1822-1897), nota figura di patriota e musicista.
Tra gli arredi sacri si distinguono un paliotto con ricamo che rappresenta S. Cristoforo e i 24 grossi banchi in noce. Interessanti sono anche le vetrate.
Accanto all'Abbazia era presente anche il Monte di Pietà, fondato nel 1524 operò fino al 1949.
Nel mese di dicembre del 1997 è iniziato un grandioso intervento di restauro di tutti gli affreschi presenti sulle pareti interne dell'Abbazia (opera commissionata dall'Abate Mons. Lino Beghini) la cui conclusione è avvenuta nel febbraio del 2003. A fianco dell'Abbazia si trova l'oratorio dedicato a S. Vincenzo Ferreri.

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