Nella chiesa vi sono tre altari: il maggiore, moderno, liturgicamente adeguato alle disposizione del Concilio Vaticano II, ha sostituito il vecchio altare di pietra trasportato nella parrocchiale di Salizzole. Il ciborio eseguito nel 1990 è ornato da formelle di Dante Casari, in prevalenza a tarsia lignea con soggetti francescani: I primi Cinque Martiri dell'Ordine; il Serafico d'Assisi col libro della Regola; lo stemma francescano; S. Chiara con l'ostensorio; la Vergine del Perdono. Sopra l'altare è appesa una copia del Crocefisso di S. Damiano nota opera bizantineggiante dell'omonima chiesa d'Assisi. L'autrice, Maria Teresa Borghesana, ha aggiunto ai piedi della croce le immagini dei Ss. Francesco e Chiara nonchè la chiesetta della Gabbia. Quanto all'immagine della Vergine col Bambino l'affresco già all'inizio del nostro secolo si presentava molto danneggiato. La tela, S. Francesco che riceve le stimmate, di ignoto autore del XVII secolo, un tempo nell'abside, è stata trasferita sulla parete destra della navata. Il pittore, di buona scuola, dimostra anche particolare attenzione all'ameno paesaggio della Verna che fa da sfondo a S. Fracesco e a frate Leone.
Il vicino altare barocco, ornato da marmi veronesi, risulta eretto nei primi anni del '700. Sulla cimasa un'iscrizione su pietra di lavagna recita:

D.O.M.
SS. ANTONIO TAVMATVRGO
ET MAVRITIO MARTYRI
DEDICATVM

ossia dedicato ai Ss. Antonio di Padova e Maurizio, quest'ultimo comandante della legione tebea. La bella pala di cui venne autorizzata la collocazione nel 1756, mostra la Vergine col bambino in gloria e i Ss. Antonio e Maurizio.
L'altare di fronte si dimostra tardo barocco nella mensa a monoblocco, mentre nella parete superiore parrebbe rimaneggiato in epoca più tarda, come ricorda l'iscrizione forse relativa ad un intervento nel 1823:

PIORVM
ELEMOSYNIS
ANNO
MDCCCXXIII

E' dedicato alla Madonna della Neve la cui devozione in loco risulta già viva nel XVII secolo, mentre alla fine del seguente si ha testimonianza della presenza di ex voto oggi scomparsi. Vicino a questo altare sta appesa una Adorazione dei Pastori copia della grande tela di Paolo Farinati. Nella cella campanaria stanno due sacri bronzi, il minore dei quali non reca epigrafi, mentre il maggiore presenta una decorazione e la scritta:

1739 PATAVINUS FONDITOR IN VERONA LVCIVS DE RVBEIS.