Verso la metà del '600 venne prolungato l'abside; in quell'occasione venne realizzato un ciclo di affreschi. Le fonti archivistiche non rivelano il nome dell'artista, ma potrebbe individuarsi in uno dei Muttoni. La descrizione, a cura di Mons. Fernando Pilli, inizia dal primo affresco sulla sinistra e prosegue in senso orario.



La prima scena raffigura una grande battaglia, con ogni probabilità si tratta di S. Giovanni da Capistrano alla testa di una crociata contro i Turchi. Il Santo incita i guerrieri cristiani, e sarà vittoria in nome di Cristo.





La Madonna Regina in trono mostra il figlio Gesù a un Santo francescano (forse S. Francesco stesso), mentre a destra è inginocchiato l'Apostolo Pietro (tiene le chiavi del Regno dei Cieli). In basso a destra il committente dell'opera con al centro dell'affresco il suo stemma.





E' raffigurata la deposizione. Gesù davanti al sepolcro è sulle ginocchia di Sua Madre Maria. Un braccio di Gesù tocca S. Francesco, che ha ricevuto le stimmate. All'estrema sinistra, S. Antonio da Padova (con il giglio in mano e la cocolla dei frati Conventuali Minori). Alla destra un Santo ed una Santa (che è incoronata).





Ancora la visione della Madonna incoronata tra le nuvole (o Assunta). Due santi le stanno ai fianchi in umile devozione. Alla sinistra S. Antonio da Padova (ha il giglio). Alla destra potrebbe essere S. Chiara.





Un santo, francescano cappuccino, grande campeggia in primo piano con uno stendardo bianco e croce rossa. Poichè sullo sfondo c'è un cannone puntato sulle mura di una grossa città, si potrebbe azzardare l'ipotesi della vittoria sui mussulmani a Vienna del 1683 (vittoria attribuita al re di Polonia Giovanni Sobieski e comandanti cattolici e protestanti), dovuta invece all'intercessione del Beato Marco d'Aviano, cappuccino. (primo miracolo fatto a Padova, S. Prosdocimo, nel 1676). Fu legato pontificio e richiesto da Leopoldo I, imperatore d'Austria con le sue preghiere, benedizioni e con la croce fece scappare i mussulmani mettendoli in fuga senza combattere.





Trattasi di ulteriore Deposizione. Gli angeli sostengono sopra la Madonna una tiara, il triregno del Papa. (sotto c'è il suo stemma?) La scena è vegliata da santi francescani, il terzo a destra è S. Antonio da Padova (ha il giglio).