Durante la II guerra mondiale e precisamente il 18 agosto 1942, in ottemperanza alle disposizioni contenute nella circolare del 1° agosto 1942 prot. n°2729 inviata dalla Sacra Congregazione Vaticana del Concilio a tutte le diocesi, la Curia Vescovile di Verona diramò una comunicazione con la quale invitava tutti i parroci della diocesi di Verona a redigere un censimento delle campane di tutte le chiese ricadenti nel territorio parrocchiale. Il censimento era divenuto indispensabile dopo l’entrata in vigore del Regio Decreto 23 aprile 1942 n°505 (pubblicato sulla G.U. il 26-05-42 n°124); tale decreto prevedeva che fossero raccolte le campane facenti parte di edifici di culto per essere fuse e diventare materiale bellico. Nella circolare della Sacra Congregazione Vaticana si indicavano gli elementi che avrebbero permesso alle campane di evitare la triste sorte: fusione precendente il 1550, rilevante pregio artistico, dal suono vivace e brillante etc, etc… Il 15 settembre 1942 l’Abate mons. Fontana risponde con lettera alla richiesta specificando le caratteristiche delle campane presente nel campanile della parrocchiale e nel santuario della Bastia:
1) Le campante della Chiesa parrocchiale sono cinque del peso complessivo di Kg. 2810 e furono fuse nell’anno 1881. Per qualità di bronzo e per tonalità (in Re maggiore) servono a suonare concerti artistici.
2) Le campane del Santuario della Bastia, nella stessa Parrocchia, sono quattro del peso complessivo di circa Kg. 500, fuse in epoca non conosciuta. Una di esse porta la dicitura: ME FECE SERVO DI LEVI ET FRATELLI IN VERONA L’ANNO MDIIIC. Porta quattro figure in rilievo – S. Stefano con sotto la scritta: da gloriam Deo – il seminatore del Vangelo – il battesimo di Cristo – la Madonna con Bambino.
Le campane dell’Abbazia essendo state rifuse alla fine dell’800 non poterono essere preservate, pertanto il 12 Novembre 1942 l’Abate mons. Fontana riceve una lettera dal “Sottosegretariato di Stato per le Fabbricazioni di Guerra”:
A norma del R.D. 23 aprile 1942 n°505, Vi preavviso che a partire dal giorno 16 c.m. questo Sottosegretariato procederà alla raccolta delle campane, di cui all’unito elenco, facenti parte di codesta chiesa.[…]
Le campane indicate nell’elenco erano due: la maggiore di Kg. 966 e la seconda di Kg. 680. Vennero caricate su di un treno e partirono per Torino destinate ad essere fuse. Fortunatamente scamparono a simile utilizzazione grazie ad una ditta di Torino che con grande rischio nascose le campane dell’Abbazia ed altre della Diocesi fino al termine della guerra. Fecero ritorno ad Isola della Scala il 27 ottobre 1945. L’11 novembre 1945 si fece la festa solenne per il loro ritorno. Riportarle nel campanile comportò una spesa di 5.978 lire che il Ministero dei Trasporti -Ufficio ripristino campane (in base all’art.5 del decreto n°429 del 06/12/1946) rimborsò alla parrocchia nel 1952.