La costruzione della nuova parrocchiale rappresentò per la comunità isolana una impresa di eccezionale impegno, i lavori si iniziarono il 25 aprile 1578 e si conclusero nel 1619. Dopo la celebrazione di una messa solenne nella chiesa di S. Vincenzo Ferreri, con la partecipazione dei Frati Minori del convento di S. Maria Maddalena, venne benedetta la prima pietra e la si portò in processione per la piazza per poi essere murata nel fondamento dell’altare maggiore. La direzione della fabbrica fu affidata dal Comune per la parte economica a quattro consiglieri: Cristofolo Magnìn, Santo Bocchino, G. Battista Anderlino e G. Battista Gandino. La parte tecnica fu affidata ai maestri Battista da Lavagno e Santo Cogino ed al perito disegnator Bernardino Brugnoli, nipote di Michele Sanmicheli.
Ma nonostante si cominciasse a lavorare fin dal giorno successivo, l’opera iniziata dal Comune confidando più nell’aiuto divino che nelle proprie risorse si protrasse a lungo anche per le difficoltà economiche che non tardarono a presentarsi. Nel 1592 il Comune vendette parte dei beni amministrati ma destinati alle spese del culto. Il Comune al termine della costruzione della parrocchiale deve aver provato un senso di orgoglio e di liberazione, questo traspare dallo stemma comunale che viene più volte ripetuto e dalle iscrizioni che ricordano ai posteri che il tempio è stato fatto dalla “unanime comunità” isolana.
Siamo nel ‘600 sotto la dominazione della Serenissima Repubblica di Venezia per questo motivo nella rappresentazione dello stamma comunale appaiono solo le tre tife senza la scala.

Questo stemma comunale in pietra è presente su entrambi gli
arconi che sovrastano gli altari del transetto.

Sulla parete di fondo, in alto, vi sono resti di decorazione e, a destra, lo stemma comunale con la scritta:
VNANIMIS INSVLAE SCALARVM COMVNITAS HOC TEMPLVM CONSTRVENDVM CVRAVIT A.
L’unanime comunità di Isola della Scala fece costruire questo tempio.

Sopra la volta di ciascun altare laterale sono dipinte ad affresco due sibille. Sopra l’altare del Comune reggono in mano una corona e le tre tife.

Le lesene reggono un cornicione che divide a metà, in senso orizzontale le pareti. Nella parte superiore sono dipinti due stemmi comunali affiancati dalle lettere F.C., da sciogliersi probabilmente in Fecit Comunitas.

Questo stemma si trova sopra il pulpito realizzato dall’abate Cocconio nel ‘600.

Lo stemma comunale riappare anche in un cassettone del ‘600 che si trova nella sacrestia.

Lo stemma è ripetuto sopra le cimase dei quattro confessionali presenti lungo le pareti interne dell’abazia.





Sotto la cella campanaria vi è l’orologio affiancato da due grifoni che sostengono i due emblemi del comune: la scala e tre tife emergenti dalle acque.
Reca la data 1818.